1937年,孫桐萱奉蔣介石的急電,讓孔德成離開曲阜去重慶,而且當夜兩點動身。
孔德成不願意在日本人的統治之下苟且偷安,更不願意為日本侵略者服務,可是,驟然發生變化的形勢實在是出乎意料,為了抗日需要,孔德成決定離開家鄉。
臨走之前,孔德成還對家裡的事務匆忙安排:委託本家叔叔孔令煜代理奉祀官,每個月由孔府發放他薪金60元......幾天後,日軍侵占了曲阜,一百二十名日本兵占領了孔府大院。
孔德成這次離開曲阜,一走就是十年,等他和夫人孫琪芳重回曲阜,已經是1947年了,而且只略作了停頓,就又一次被迫離開曲阜,而且是永遠地離開。